Theologie im Fernkurs arbeitet seit Jahrzehnten bei der Ausbildung von Pfarrhelferinnen und Pfarrhelfern in der Katholischen Militärseelsorge mit dem Katholischen Militärbischofsamt zusammen. An den aktuell ca. 100 Standorten der Bundeswehr gibt es neben den hauptamtlichen Seelsorgern jeweils einen Pfarrhelfer bzw. ein Pfarrhelferin, die für die Organisation des kirchlichen Lebens, aber auch zunehmend für pastoralen Aufgaben zuständig sind. Oft sind die Pfarrhelferinnen und Pfarrhelfer für die Soldaten und Soldatinnen sowie ihre Familien die ersten Ansprechpersonen. Bereits 2010 gab es eine erste Vereinbarung zwischen Theologie im Fernkurs und dem Katholischen Militärbischofsamt in Berlin, die angesichts der gestiegenen Anforderungen für diesen Beruf die theologische und pastorale Qualifizierung der Pfarrhelfer und Pfarrhelferinnen sicherstellen wollte. Verpflichtend wurde insbesondere der Grundkurs Theologie gemacht. Darüber hinaus konnten Teile des Pastoraltheologischen Kurses belegt werden. Die Vereinbarung aus dem Jahr 2010 wurde nun nach den bisherigen Erfahrungen nochmals grundlegend überarbeitet und den aktuellen Erfordernissen angepasst.

Unter Anwesenheit des Katholischen Militärbischofs für die Deutsche Bundeswehr, Bischof Dr. Franz -Josef Overbeck, unterzeichneten am 18. September 2018 auf der 63. Gesamtkonferenz der Katholischen Militärseelsorge in Freiburg im Breisgau, der Militärgeneralvikar Monsignore Reinhold Bartmann und der Leiter von Theologie im Fernkurs, Dr. Thomas Franz, die neue Vereinbarung, mit der zukünftig die theologische Qualifizierung der Pfarrhelferinnen und Pfarrhelfer geregelt wird.